Cada uno de sus colores representa diferentes valores que como franciscanos y franciscanas, estamos llamados a vivir:
Verde: creatividad, naturaleza, esperanza y crecimiento
Amarillo: optimismo, positivismo, riqueza y luminosidad
Blanco: Paz, conocimiento y transparencia
El crucifijo de San Damián en el centro de la bandera, quiere representar la invitación que cada día nos hace Francisco, a cada una y cada uno de nosotros, a que, como él, la centralidad de nuestra vida sea Jesús y su Evangelio; su color café significa madre tierra, arraigo, sentido de pertenencia y sustento.
